7月25日に、みなとみらい号が運転された。『みなとみらい号』でAloha YOKOHAMA 2009へ行こう!と題していて、今回のヘッドマークは、Aloha YOKOHAMA 2009のデザインとなっている。今回は、浦和美園からの列車は、白金高輪止まりの「みなとみらいリレー号」となり、白金高輪にて高島平からの列車に接続している。北千住発と高島平発の列車は前回と同様で、北千住～元町・中華街、高島平～元町・中華街の往路のみの運転。いずれの列車も目黒線・東横線内は急行として運転するが、元住吉に停車して特急の通過待ちを行っている。
北千住からの列車は東急1003F、高島平からの列車は東京都交通局6300系、浦和美園からの列車は東急5185Fにより運転された。
| 浦和美園 | 高島平 | 白金高輪 | 目黒 | 大岡山 | 武蔵小杉 | 元住吉 | 菊名 | 横浜 | みなとみらい | 元町・中華街 | ||||||||||
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| 1207 | -> | -> | 1301 | |||||||||||||||||
| 1217 | -> | 1302 | -> | 1307 | -> | 1316 | -> | 1325 | -> | 1330 | -> | 1339 | -> | 1347 | -> | 1350 | -> | 1355 |
| 北千住 | 中目黒 | 自由が丘 | 武蔵小杉 | 元住吉 | 菊名 | 横浜 | みなとみらい | 元町・中華街 | ||||||||
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| 1257 | -> | 1341 | -> | 1348 | -> | 1355 | -> | 1402 | -> | 1409 | -> | 1417 | -> | 1420 | -> | 1425 |