東急東横線祐天寺駅の線路は、2013年4月に始まった通過線新設などの改良工事の進捗により、2015年11月1日に下り線が海側へ、7月17日に上り線が山側へ切り替えられた。これにより、上下線兼用の通過線を設置するスペースができている。
下り線は、ホームが少し削られて、軌道が少し海側に移設されている。
上り線は、ホームが線路ほぼ1本分の幅を削られて、軌道が山側に移設されている。横浜寄りの上屋がなかった部分のホームは、ほとんどが削られてしまうため、外側にホームが新たに作られている。また、渋谷寄りに約1両分のホームを新設して、停止位置が約20m渋谷寄りに変更されている。