博多～西鹿児島を結ぶ特急つばめ用に登場した。日本を代表する列車「つばめ」にふさわしい車両である。在来線で唯一のビュッフェ連結の車両である。
ブルーリボン賞、ブルネル賞 長距離旅客列車優秀賞、ブルネル賞 ユニフォーム部門奨励賞、グッドデザイン賞、松下電工ライティング・コンテスト優秀賞を受賞している。
1996年3月のダイヤ改正で、特急つばめがすべて787系に統一された。
1997年3月のダイヤ改正から、特急つばめが1往復増発されて14往復となった。
2000年3月のダイヤ改正から、特急にちりんシーガイアでの運用は無くなり、全て鹿児島本線での運用のみになった。
2001年10月の福北ゆたか線開業に合わせて登場した特急かいおうに、787系4連が使用されている。
2003年末に開業する九州新幹線新八代～西鹿児島に投入される800系の座席数に合わせるため、つばめ用の787系は、すべて7連に組成されることになった。2002年初めから組成の変更を進め、不足する中間車は新造され、サハシ787形は順次、ビュッフェを普通座席に改造される。
2011年3月のダイヤ改正で、リレーつばめが廃止されたため、熊本方面への運用は無くなり、かいおう、きらめきに加えて新たに、かもめ、みどり、にちりん、ひゅうが、きりしま、川内エクスプレスでも運用されるようになった。
787系6連がD&S列車に改造され、黒い787系「36ぷらす3」として2020年10月16日に運行を開始した。
787 TSUBAME
787 ARIAKE
特急きらめき2号 小倉 2000/8/27
特急有明14号 肥後大津 2000/8/30
特急有明14号 肥後大津 2000/8/30
特急有明21号 博多 2009/8/29
Relay tsubame
特急つばめ 八代～肥後高田 2004/3/12
特急つばめ 上田浦～肥後田浦 2004/3/12
特急つばめ号 海浦～肥後田浦 2004/3/12
博多 2004/3/14
特急リレーつばめ46号 新八代 2005/10/23
特急リレーつばめ43号 千丁～新八代 2005/10/23
特急リレーつばめ4号 新八代 2009/8/29 阿修羅展
787 AROUND THE KYUSHU
黒い787系「36ぷらす3」
